DuIvySkills

In the author's own words, from each skill's SKILL.md.

• DuIvyProcedures-skills

  DuIvyProcedures (DIP) 批量分析软件使用指南。当 Agent 需要使用 DIP 但不清楚命令或配置方法时调用。核心特性：YAML 配置驱动，一条命令批量分析多条轨迹，自动出图出数据。功能覆盖 34 个模块：(1) 基础分析 - RMSD、RMSF、Gyrate、SASA；(2) 高级分析 - DCCM、PCA、FEL、dPCA；(3) 相互作用分析 - 氢键、盐桥、π-π堆积、π-阳离子、疏水接触、RDF、RDCM、密度图；(4) 降维分析 - MSM、tICA、tSNE、UMAP；(5) 其他 - DSSP 二级结构、聚类分析、距离矩阵、密度分布、用户自定义模块。分为 GROMACS 依赖模块（gmx_ 前缀，13 个）和纯 Python 模块（21 个）。适用场景：批量处理多条轨迹、一次运行多个分析。

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• duivytools-skills

  DuIvyTools (dit) 命令行工具使用指南。当 Agent 需要使用 DuIvyTools 但不清楚命令用法时调用。功能覆盖：(1) XVG 数据可视化 - RMSD、RMSF、能量、氢键、回转半径等；(2) XPM 矩阵可视化 - DCCM、FEL、DSSP 二级结构热图；(3) NDX 索引文件操作 - 查看、合并、提取原子组；(4) 统计分析 - 平均值、标准差、分布、相关性；(5) 拉马钱德兰图绘制；(6) 数据格式转换 - 导出为 CSV/DAT。支持 matplotlib、plotly、gnuplot、plotext 四种绘图引擎。

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• gmx-mmpbsa

  gmx_MMPBSA 结合自由能计算的完整方法论指南。当 Agent 需要使用 gmx_MMPBSA 计算蛋白-蛋白或蛋白-配体结合自由能（ΔG_bind）时必须调用此技能。覆盖场景：MM/PBSA、MM/GBSA 计算、结合能分析、gmx_MMPBSA 参数配置、力场搭配、采样策略选择、受体/配体定义、PBC 轨迹预处理、结果验证。即使用户只是提到'算结合能'、'MMPBSA'、'binding energy'、'gmx_MMPBSA'而没有详细说明，也应触发此技能。本技能包含五步决策流程、八项已知易错点、六步检查点确认和七项验证清单，确保计算结果可靠。

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• gromacs-protein-analysis

  蛋白质分子动力学模拟分析的流程知识指南。当 Agent 需要执行某个分析但不清楚具体流程时调用。涵盖九种核心分析的完整工作流：(1) PBC 修正 - 消除周期性边界伪影，居中蛋白质/配体；(2) RMSD 分析 - 测量结构稳定性和模拟收敛性；(3) RMSF 分析 - 评估每个残基的灵活性；(4) 回转半径分析 - 评估蛋白质紧密性和折叠状态；(5) SASA 分析 - 研究溶剂可及性和表面性质；(6) DCCM 分析 - 动态互相关矩阵，研究原子间相关运动；(7) RDCM 分析 - 残基距离接触矩阵，分析残基间空间关系；(8) PCA 分析 - 主成分分析，识别集体运动和构象变化；(9) FEL 分析 - 自由能景观映射，使用 RMSD/Gyrate 或 PCA 作为反应坐标。包含分析间的依赖关系说明（如 FEL 依赖 PCA 或 RMSD/Gyrate 结果）。

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• gromacs-skills

  GROMACS 分子动力学模拟软件命令参考。当 Agent 需要执行 GROMACS 命令但不清楚用法时调用。功能覆盖：(1) 拓扑与结构处理 - pdb2gmx、editconf、solvate、insert-molecules、genrestr；(2) 模拟设置与运行 - grompp、mdrun；(3) 轨迹处理 - trjconv（PBC修正、格式转换）、trjcat（轨迹拼接）；(4) 能量分析 - energy、eneconv、bar；(5) 轨迹分析 - rms、rmsf、gyrate、hbond、distance、angle、dihedral、sasa、cluster、mindist；(6) 结构分析 - covar、anaeig（PCA）、mdmat、sham（FEL）；(7) 索引与选择 - make_ndx、select、genion；(8) 工具 - xpm2ps…

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• nonstd-residue

  非标残基力场构建的完整流程指南。当 Agent 需要为共价修饰的非标准残基（如 BBO-10203 共价结合 CYS 形成的 CYB）构建 GROMACS 力场定义时必须调用此技能。覆盖场景：从 Sobtop 输出的 itp 文件（RESP2 电荷 + GAFF 拓扑已就绪）开始，生成 rtp/hdb 残基定义、注册 GAFF 参数到本地力场副本、组装 PDB、运行 pdb2gmx 验证。适用于任何通过共价键连接到蛋白残基的小分子配体（如分子胶水、共价抑制剂）。即使用户只是提到'非标残基'、'共价修饰'、'构建力场'、'rtp/hdb'而没有详细说明，也应触发此技能。本技能包含五阶段端到端流程、六步检查点确认和十四项验证清单，确保构建的力场可直接用于 MD 模拟。

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